1、商家不同：
京东自营可以理解为消费者是跟京东在做买卖，采用B2C的销售模式，即商家直接到客户的模式，采购产品的发票是由京东公司开具；非自营店，是京东提供平台给厂商，厂商与消费者通过京东提供的平台进行交易，商家给消费者开具的发票就不是京东的了；另外，商家还需要给京东缴纳一定的平台使用费。
2、物流和发货不同：
京东自营是由京东仓库发货（京东目前在全国有八个京东仓库）。简单理解就是京东用批发价向商家拿货，先放到京东仓库中，然后在平台进行销售。客户下单后，由距离客户最近的仓库发货。非自营商家则是由第三方卖家发货，客户下单后，商家自己发货，与淘宝类似；当然非自营也可以选择京东物流，但是发货就不是通过京东仓库来了。
3、产品标准不同：
京东自营用京东自己的做招牌，在销售，口碑、服务、价格方面都有优势，但是对库存、销售的要求非常严格，产品可靠性、配套的售后、物流都有严格标准。非自营在产品线上灵活性就要更高，可以覆盖全品牌、全型号。在产品的长周期和多元化方面、非自营的优势高于自营。
4、流量的不同：
作为京东的亲儿子，自营店获得的流量会高于非自营店，而且有些京东礼品卡还仅限于购买自营店的商品。平台也会通过更多活动给自营店带来流量，快速消化库存，为京东创造利润。